長坂蛾庭

2012年12月6日

バーチャルスライド

カテゴリー: 2.道具, 顕微鏡 — Hepota2 @ 00:52

プレパラート標本のデジタル化。
縦横何枚もの画像を撮影してつなげ一枚の大きな画像にし、さらにフォーカス位置を変えて複数の画像を作ります。これをネット上でだれでも閲覧できるようにし、ブラウザからJavascriptを使って顕微鏡を操作するのと同じように見れる。そう遠くない将来、そのような試みが始まると思います。

コタツに潜りながら世界中にある模式標本を見ることができ、自分の撮影した標本をネットにアップして専門家に見てもらうといったことができるようになるかもしれません。教育的にもいろいろと可能性があると思います。

医療関係ではすでに使われており、バーチャルスライド(wiki)と呼ばれています。こちらのサンプルは、滋賀医科大学によるもので、教育目的で使われているようです。

大量に撮影するため自動機械が使われますが、一台1000万円以上するようです…。
画像フォーマットもメーカー固有のフォーマットで、これが規格化されないと始まりませんが、策定の動きはあるようです。
OME

虫の場合、面積が小さくて良いので(コナジラミだと2×2mm以下)、とりあえず手作業でなんとかできそうなので、試しにやってみようかと思ってます。キャノンのカメラに付属しているパノラマ合成プログラムPhotoStichは、縦横に合成できそうなのでこれでつないでと…。表示プログラムは簡単なので作ってもたいしたことは無さそうだし…。

z方向の移動が不要なら、ここで使われている、OpenSeadragonというのが使えそうです。

等と調べていたら、今日も夜がふけてきました。
おやすみなさい。

4件のコメント »

  1. 当部門バーチャルスライドボックスをご紹介いただき、ありがとうございます。

     バーチャルスライド(英語圏ではWhole Slide Imagingの呼称ほうが一般的なようですが)自体は教育だけでなく、研究・診療面でもとても有益なのですが、お書きの通り、まだまだ高いなど問題も山積しているのが現状だと実感しております。画像規格の統一や、さまざまな分野での利用が進み、より洗練された使いやすいものになってほしいですね。

     「“高い機械”を使わずにこの種のイメージを作る」ことなのですが、当部門では現行機種の導入前はZoomify(http://www.zoomify.com/)のフリーバージョンを使用して、顕微鏡写真をつないでいました。別のラボにいたときは植物細胞の画像などもやってみましたが、けっこう綺麗に合成できたかと記憶しております。(かなりデータが重くなってしまいますが。)

     なお、ご紹介いただきましたバーチャルスライドボックスですが、現在「実習標本アルバム」(http://patho1album.blog103.fc2.com/)に移行を予定しております。よろしくお願いいたします。

    コメント by 滋賀医科大学分子診断病理(web担当) — 2013年2月8日 @ 14:53

  2. 滋賀医科大学分子診断病理(web担当) さま、情報ありがとうございます。
    「Whole Slide Imaging」教えていただきありがとうございます。もう一度調べ直してみます。検索エンジンは便利なんですが、キーワードがわからないと苦労しますね。
    Zoomifyは、大きな画像を閲覧するためのソフトでしょうか? 深さ方向にも動かしてみたいので、いまのところ自作しようかと思ってます。
    URLは変更しておきました。

    コメント by Hepota — 2013年2月8日 @ 20:06

  3. コメント&URL変更、ありがとうございました。

    画像規格や用語については、当方の業界でも頻繁にシンポ・セミナー等が開催されているので、近いうちに進展があるのではと期待しています。

    画像の方ですが、深さ(z軸)方向への可動性となると、なかなか既存のソフトではうまくいかず、試行錯誤の毎日というのが当方での現状です。
    スライドスキャナ付属ソフトでは、データが重すぎて取り込みや処理の速度が臨床のスピードについていきづらいなどの問題が残っており、厚みのある標本も含めての「完全デジタル化」にはまだ時間がかかりそうです。このあたりも、様々な分野の方々との協力でブレイクスルーを目指したいものです。

    とりとめのない文になってしまい、すみませんでした。今後ともよろしくお願いいたします。

    コメント by 滋賀医科大学 分子診断病理(web担当) — 2013年2月13日 @ 13:22

  4. 滋賀医科大学 分子診断病理(web担当)さま、こんにちは。

    規格は楽しみですね。生物標本の関係者が参加しておられると良いのですが…

    臨床においてどのように使われるか全くイメージがわきませんが、一般的には、デマンド処理を優先し、バッチ処理はバックグラウンドで行うことで、リアルタイム性を向上させることができると思いますが、いろいろと難しいのでしょうね。

    コメント by Hepota — 2013年2月14日 @ 11:59

このコメント欄の RSS フィード

コメントをどうぞ

Powered by WordPress